Цивільним законодавством пеня визначається як форма неустойки. Стосовно виконання податкового обов’язку пеня розглядається як грошова сума, котру зобов’язана особа повинна перелічити при сплаті належних сум податку або збору в більш пізні порівняно із встановленими податковим законодавством строки. Таким чином, суму пені платник податків зобов’язаний виплатити у разі прострочення сплати податку або збору. Прострочення платежу фактично і є підставою нарахування пені. Правове регулювання пені розглядається у главі 12 розділу II «Адміністрування податків, зборів (обов’язкових платежів)» Податкового кодексу України.

Відповідно до ст. 129 Податкового кодексу України пеня нараховується:

1) після закінчення встановлених строків погашення узгодженого грошового зобов’язання на суму податкового боргу. Нарахування пені розпочинається: а) при самостійному нарахуванні суми грошового зобов’язання платником податків - від першого робочого дня, наступного за останнім днем граничного строку сплати грошового зобов’язання; б) при нарахуванні суми грошового зобов’язання контролюючими органами - від першого робочого дня, наступного за останнім днем граничного строку сплати грошового зобов’язання, визначеного у податковому повідомленні-рішенні;

2) у день настання строку погашення податкового зобов’язання, нарахованого контролюючим органом або платником податків у разі виявлення його заниження на суму такого заниження та за весь період заниження (у тому числі за період адміністративного та/або судового оскарження);

3) у день настання строку погашення податкового зобов’язання, визначеного податковим агентом при виплаті (нарахуванні) доходів на користь платників податків - фізичних осіб, та/або контролюючим органом під час перевірки такого податкового агента.

Нарахування пені закінчується:

1) у день зарахування коштів на відповідний рахунок органу, що здійснює казначейське обслуговування бюджетних коштів та/або в інших випадках погашення податкового боргу та/або грошових зобов’язань;

2) у день проведення взаєморозрахунків непогашених зустрічних грошових зобов’язань відповідного бюджету перед таким платником податків;

3) у день запровадження мораторію на задоволення вимог кредиторів (при винесенні відповідної ухвали суду у справі про банкрутство або прийнятті відповідного рішення Національним банком України);

4) при прийнятті рішення щодо скасування або списання суми податкового боргу (його частини).

У разі часткового погашення податкового боргу сума такої частки визначається з урахуванням пені, нарахованої на таку частку. В разі скасування нарахованого контролюючим органом грошового зобов’язання (його частини) у порядку адміністративного та/або судового оскарження пеня за період заниження такого грошового зобов’язання (його частини) скасовується.

Пеня нараховується на суму податкового боргу (включаючи суму штрафних санкцій за їх наявності та без урахування суми пені) із розрахунку 120 % річних облікової ставки Національного банку України, діючої на певний момент: на день виникнення такого податкового боргу або на день його (його частини) погашення, залежно від того, яка з величин таких ставок є більшою, за кожний календарний день прострочення у його сплаті: на день заниження податкового зобов’язання; на день виплати (нарахування) доходів на користь платників податків - фізичних осіб. Зазначений розмір пені застосовується щодо всіх видів податків, зборів та інших грошових зобов’язань, крім пені, яка нараховується за порушення строку розрахунку у сфері зовнішньоекономічної діяльності, що встановлюється відповідним законодавством.

Пеню необхідно чітко відмежовувати від заходів податкової відповідальності (як такі у податковому законодавстві фігурують штрафи). Стягнення пені зумовлюється тільки фактом прострочення сплати податку або збору, тоді як стягнення штрафів передбачає спеціальні процедури, в основі яких лежить правопорушення. Пеня ж може стягуватися й у тому разі, коли платник податків може бути звільнений від застосування заходів відповідальності за порушення податкового законодавства.

Пеня як грошова сума, яку повинен сплатити платник податків і яка розглядається як спосіб забезпечення його податкового обов’язку, в податковому праві характеризується деякими особливостями:

а) виникнення обов’язку зі сплати пені пов’язане з невиконанням податкового обов’язку (найчастіше із затриманням строків сплати податків і зборів);

б) застосування пені як способу забезпечення податкового обов’язку передбачає спеціальне коло суб’єктів, на яких може бути поширений обов’язок зі сплати пені (звичайно, йдеться про осіб, що представляють зобов’язану сторону податкових правовідносин, за якими закріплено обов’язок зі сплати податків і, виходячи з цього, стосовно яких може бути використаний такий спосіб забезпечення: платники податків та податкові агенти);

в) пеня може бути застосована виключно в грошовій формі. Якщо інші способи забезпечення виконання податкового обов’язку можуть поширюватися й на натуральні форми вираження податкового обов’язку (наприклад, при податковій заставі), то пеня виступає виключно як грошова сума, що підлягає сплаті внаслідок невиконання платником податкового обов’язку.

У разі, коли керівник контролюючого органу (його заступник) відповідно до процедури адміністративного оскарження приймає рішення про продовження строків розгляду скарги платника податків понад строки, пеня не нараховується протягом таких додаткових строків, незалежно від результатів адміністративного оскарження.

Нараховані контролюючим органом суми пені самостійно сплачуються платником податків. При погашенні суми податкового боргу (його частини) кошти, що сплачує такий платник податку, в першу чергу зараховуються в рахунок податкового зобов’язання. У разі повного погашення суми податкового боргу кошти, що сплачує такий платник податку, в наступну чергу зараховуються у рахунок погашення штрафів, в останню чергу зараховуються в рахунок пені. Якщо платник податків не виконує встановленої черговості платежів або не визначає її у платіжному документі (чи визначає з порушенням зазначеного порядку), орган державної податкової служби самостійно здійснює такий розподіл суми у порядку, визначеному цим пунктом. Суми пені зараховуються до бюджетів або державних цільових фондів, до яких згідно із законом зараховуються відповідні податки (сг. 131 Податкового кодексу України).

Якщо платник податків до початку його перевірки контролюючим органом самостійно виявляє факт заниження податкового зобов’язання га погашає його, пеня не нараховується. Це правило не застосовується, якщо:

а) платник податків не подає податкову декларацію за період, протягом якого відбулося таке заниження;

б) судом встановлено вчинення злочину посадовими особами платника податків або фізичною особою - платником податків щодо умисного ухилення від сплати зазначеного податкового зобов’язання (ст. 132 Податкового кодексу України).